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全代谢组学
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技术简介
代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科,是系统生物学的重要组成部分。代谢组学的概念来源于代谢组,代谢组是指某一生物或细胞在一特定生理时期内所有的低分子量代谢产物,代谢组学则是对某一生物或细胞在一特定生理时期内所有低分子量代谢产物同时进行定性和定量分析的一门新学科。它是以组群指标分析为基础,以高通量检测和数据处理为手段,以信息建模与系统整合为目标的系统生物学的一个分支。
技术流程
1.采样、预处理;
2.代谢物提取;
3.上机检测;
4.数据采集、信息识别;
5.生物信息学分析;
6.提交报告。
技术说明
GC-MS(气相色谱)
GC-MS作为经典的代谢组学研究手段,相对而言较为成熟、且灵敏度较高,其相对完善的数据库也使得定性更为准确可靠。但由于GC-MS本身的技术特点的限制,其使用范围较窄。
LC-MS(液相色谱)
相对于GC-MS,LC-MS能够处理的样品更多,且样品制备和处理也更为简单,却仍能够保证较高的灵敏度和稳定性。待其数据库进一步完善,其应用范围将更加广阔。
NMR(核磁共振)
NMR技术能够在保证样品的完整性的情况下,快速进行测定,对液体(血液、尿液等)、固体(组织、器官)都有较好的检测效果,可对样品进行代谢组的动态监测。但NMR具有灵敏度低的缺陷。
PCA分析
PCA分析(主成分分析)可以了解不同代谢产物在区分不同样品中的权重,筛选差异代谢产物。
PLS-DA分析
PLS-DA(偏最小二乘法-判别分析法)能从复杂的数据中最大限度地提取简化后的信息以供分析。
Pathway分析
主要用于代谢通路分析。
